Hola,
A mi me pasa lo mismo. Metes la sd externa y la interna no aparece ni las apps instaladas en ella (sólo me aparece si en ajustes vas a almacenamiento)
Además he trasteado un poco con el explorador de archivos y he visto que tanto /sdcard como /mnt/sdcard me llevan a la tarjeta externa, de hecho, si copio algo en /sdcard me aparece tambien en /mnt/sdcard y viceversa. Y ahora lo único útil que te puedo decir, en mi caso, la tarjeta sd interna en el explorador de archivos tiene el nombre /HWUserData, en el directorio raíz. Sabiendo eso, aunque no puedes instalar apps en ella (al menos a mí las apps instaladas ahí me desaparecen al meter la externa), sí que la puedes utilizar como unidad de almacenamiento (multimedia, backups,...). Algo es algo.
Espero que te sirva, pero estaré atento al tema a ver si alguien tiene una solución completa!